Limpia bien las perdices y átalas con un bramante para que no se deformen mientras se cuecen.
Luego ponlas en una cazuela de barro con la manteca de cerdo, el tocino, las cebollitas y la zanahoria y rehógalas hasta que comiencen a dorarse. Salpimentalas, empolvoréalas con 2 pellizcos de tomillo, uno de nuez moscada y la harina.
Remuévelas rápidamente, báñalas con la sidra y cuando comience a hervir, tapa la cazuela y cuécelas sobre fuego muy suave durante 90 minutos.
A mitad de la cocción, retira las perdices, quítales el bramante, córtalas por la mitad y colócalas en otra cazuela.
Pasa la salsa por un colador y derrámala sobre ellas. Si la salsa hubiera espesado demasiado, aclárala con un poco de caldo. Vuelve a tapar la cazuela y continúa cociéndolas hasta que estén a punto.